Urodził się w Asyżu pod koniec 1181 lub na początku 1182 roku, jako syn bogatego kupca Piotra Bernardone i jego żony Piki. Na chrzcie otrzymał imię Jan, które po powrocie ojca z podróży handlowej do Francji zostało zastąpione imieniem Francesco – Franciszek.
Pierwszą formację religijną otrzymał od bardzo pobożnej matki. Święty nauczył się czytać i pisać w szkole parafialnej Św. Jerzego w Asyżu, a następnie uzupełnił swoje skromne wykształcenie elementami rachunku, poezji i muzyki. Zdobył także znikomą znajomość języka francuskiego (prowansalskiego) i zapoznał się z poematami o czynach bohaterskich i z legendami rycerskimi. Franciszek, mając bystry umysł i dobrą pamięć, zdobędzie później przez czytanie i rozważanie oględną kulturę religijną.
Ojciec Franciszka rozszerzał aż za granicę obszar swojego handlu, co było typowe dla średniego stanu społeczeństwa włoskiego tego okresu, stanu znajdującego się w cywilnym i politycznym wznoszeniu się, żądnego dobrobytu i wolności aż po zdobycie tytułu szlacheckiego, by zrównać się z większymi, którzy górowali nad tłumem ubogich i mniejszych. I Franciszek, obficie obdarzony inteligencją, ambicją i przedsiębiorczością, osobiście próbował w pierwszym dwudziestopięcioleciu swego życia w świecie (1182-1205) tych wszystkich dróg wzniesienia się i chwały światowej.
Mając lat 14 został przydzielony do sklepu ojca, by zaprawiać się w sztuce kupieckiej (ok. 1196). Wykonywał tę sztukę z przezornością, z uwagą na zarobki, mimo, że mając bardzo lekką rękę w ich wydawaniu, nie sprawdził się jako dobry ich kustosz. Istotnie, syn pierworodny (miał tylko jednego, młodszego, brata Anioła), obwołany królem biesiad i królem młodzieży asyskiej, rozrzutnie gospodarował bogactwami ojca, ubierał się w sposób osobliwy i jaskrawy, brał udział w zabawach i śpiewach na wieczornych spotkaniach z przyjaciółmi. Rodzice jednak tolerowali z pobłażliwością jego książęce wydatki. Ze względu na swoje dobre przymioty naturalne i moralne, szlachetność słowa i szlachetność sposobu bycia, hojność wobec ubogich oraz ze względu na szczególną prawość obyczajów był podziwiany przede wszystkim przez matkę i przez swoich przyjaciół.
Franciszek był żywym obserwatorem, jeśli nie uczestnikiem, zdobywania wolności obywatelskiej w walce przeciw wasalowi cesarskiemu z miasteczka Spoleto (1198). Jako dwudziestoletni młodzieniec wziął czynny udział w wojnie komunalnej Asyżu przeciw Perugii (listopad 1202). Wskutek klęski asyżan dostał się do niewoli, gdzie zaczęła się dokonywać jego wewnętrzna przemiana. Uwolniony po roku i doświadczony długą chorobą (1204), zaczął patrzeć inaczej na świat – wydawał mu się on obcy i inny. Po jakimś czasie jednak odzyskał równowagę, a zafascynowany nowymi snami o chwale, postanowił udać się do Apulii po zdobycie tytułu rycerskiego (1205). Podróż Franciszka, została wszelako przerwana w Spoleto, gdzie w czasie snu Pan zaprosił go, by poszedł za panem bardziej szlachetnym. Franciszek usłyszał wówczas we śnie słowa: Komu lepiej służyć: Panu, czy jego słudze? Zrozumiał wtedy, że wielkość, do której dąży nie jest tą wielkością, która jest mu przeznaczona.
Z przepowiednią, że stanie się wielkim księciem powrócił do Asyżu. Wnet usunął się z towarzystwa przyjaciół, spędzając czas na długich modlitwach w samotnej grocie. Przezwycięża swój skrajny wstręt do trędowatych i zauważa w nich tak samo dzieci jednego Ojca. Częstym miejscem jego modlitwy jest kościółek San Damiano, gdzie spędza większość swojego czasu. Właśnie w tym kościele głos z krucyfiksu nad ołtarzem zaprosił go do naprawienia Kościoła, który się rozwalał. Franciszek usunął się na jakiś czas z życia publicznego do Św. Damiana i w charakterze oblata oddał się pod ochronę Kościoła. Gdy zrozumiał cel swojego powołania zrzekł się przed biskupem asyskim Gwidonem całego swojego majątku, który odziedziczył po ojcu. Jest to moment doskonałego nawrócenia Franciszka, jak określą pierwsi biografowie (pierwsze miesiące 1206). Przyobleczony w ubogą tunikę w kształcie krzyża ogłosił się heroldem wielkiego Króla i przez dwa lata prowadził życie pokutnicze i pustelnicze. Oddał się modlitwom i pełnił niskie posługi, także przez krótki czas w klasztorze benedyktyńskim (S. Verecondo w Villingegno, Gubbio). Dosłownie przyjmując zaproszenie Ukrzyżowanego zaangażował się następnie w materialną odbudowę trzech kościółków znajdujących się w okolicy Asyżu: S. Damiano, S. Pietro della Spina i S. Maria degli Angeli, zwanego Porcjunkulą. Podczas tego okresu Franciszek poruszył cały Asyż. U jednych budził wstręt, a podziw u innych, wciąż czekając na jakieś nowe boskie oświecenie, które otrzymał wkrótce po ostatnim odnowieniu kościoła. Będąc w Porcjunkuli usłyszał Ewangelię o rozesłaniu apostołów i o ich ubóstwie (ok. 24 II 1208). Po Mszy świętej poprosił kapłana o wytłumaczenie tego fragmentu. W jego świetle rozpoznał z radością własne powołanie i misję.
Realizując dosłownie te wskazania, natychmiast przywdział inny ubiór: tunika w formie krzyża, przepasana białym sznurem. Za pozwoleniem biskupa zaczął wtedy nawoływać do pokuty.
Swoją postawą pobudzał wielu ludzi do refleksji nad swoim życiem. Przyłączają się do niego dwaj szanowani asyżanie: szlachetnie urodzony i bogaty Bernard z Quintavalle oraz doktor prawa Piotr Catani (16 IV 1208). W tym samym roku dołączył się do nich młody Idzi pochodzący z warstwy plebejskiej (23 IV) oraz ośmiu następnych towarzyszy. Grupę, w jej sposobie życia wspólnego i apostolskiego, aprobował w roku następnym (1209) papież Innocenty III. Powstał pierwszy zakon Braci Mniejszych (Franciszkanie). Tymczasem z chwilą ustnego zatwierdzenia pierwszej formula vitae oraz z uzyskaniem od papieża pozwolenia na nieskrępowane głoszenie pokuty przez niego i innych Franciszek rozpoczyna długotrwałe apostolstwo wędrownego, ludowego i pokutnego przepowiadania, wyposażony we wszelkie charyzmaty łaski boskiej i poparcie władzy kościelnej.
Wszystkie kazania poprzedzał pozdrowieniem pokoju: Niech Pan obdarzy was pokojem.
Jego proste, żarliwe i dociekliwe słowo wszystkim przywoływało wspomnienie o Stwórcy i Jego przykazaniach, sprawiedliwość i miłosierdzie Boga. Bardzo charakterystycznym rysem franciszkowego przepowiadania, który bardzo często powtarza się w jego pismach, jest bardzo głęboki szacunek dla wszystkich kapłanów, nie pomijając kapłanów-grzeszników, przez wzgląd na godność ich święceń oraz cześć dla Kościoła. Nauczał również szacunku i czci dla wszystkich, bogaczy i panów, sług i ubogich, dobrych i złych. Mając upoważnienie apostolskie przemawiał do wszystkich ze szczerym słowem i z odwagą, głosząc prawdę bez upiększeń czy pochlebstw, tak że nawet mężowie wykształceni, cieszący się sławą i godnością, słuchali go ze zbożną bojaźnią. Duchowieństwo, zakonnicy i świeccy przybywali, aby go słuchać, dostrzegając w nowym ewangeliście niemal człowieka z innego świata, nowe światło posłane z nieba na ziemię dla oświecenia i porwania wszystkich ku sprawom Bożym.
Tak więc Franciszek przemierzył w ciągu przeszło piętnastu lat, od 1208 do 1224, większą część Włoch. Pełen żaru misyjnego i pragnienia męczeństwa wśród Saracenów dwukrotnie wyruszył poza Włochy, w kierunku Syrii w 1212, a wkrótce potem przez Francję i Hiszpanię ku Maroku (1214); jednak za pierwszym razem z powodu burzy znalazł się na brzegach dalmatyńskich, a za drugim wskutek choroby został zmuszony do powrotu z Hiszpanii. Wysławszy swoich zakonników pod przewodem br. Eliasza do prowincji Syrii i Palestyny (1217) oraz pierwszych pięciu misjonarzy męczenników do Maroka (1219), Franciszek udał się 24 VI 1219 drogą morską na Bliski Wschód i stanął przed sułtanem Egiptu, Melek-el-Kamelem, który przyjął go przychylnie i wysłuchał. Święty wprawdzie nie uzyskał nawrócenia sułtana czy też męczeństwa dla siebie, jednakże swoim gestem Franciszek dał chrześcijaństwu przykład pierwszego, pokojowego i apostolskiego zetknięcia się z Saracenami. Równocześnie wysłanie pierwszych braci misjonarzy do Afryki i na Wschód otwierało w istocie wielką historię misji katolickich w świecie.
W drodze powrotnej do Włoch (1220), opatrznościowej dla Zakonu, Franciszek podjął apostolstwo słowa. W roku następnym, przychylając się do wyrażanych mu od dawna w różnych miejscach życzeń, dawał przepisy chrześcijańskiego życia, indywidualnego i społecznego, dla ludzi świeckich, żyjących w świecie, którzy pragnęli postępować według jego nauczania w duchu Ewangelii: powstał Trzeci Zakon Pokutników albo Tercjarzy (Florencja i Poggibonsi, 1221) jako odrębne braterstwo wśród innych odosobnionych i wspólnotowych grup Pokutników tego okresu.
Aby wreszcie przedstawić sobie i ludowi bardziej konkretnie i naocznie tajemnicę Bożego Narodzenia, mając szczególne pozwolenie papieża, Święty w otoczeniu licznego tłumu przy grocie w Greccio, kasztelu położonym w dolinie reatyńskiej, zapragnął w nocy 24 XII 1223 obchodzić święto Narodzenia Pana i posługiwać jako diakon przy uroczystej Mszy wobec plastycznej i żywej sceny Żłóbka. Franciszek miał święcenia diakonatu, jednak z pokory nie dążył do przyjęcia kapłaństwa.
Święty po powrocie ze Wschodu, już schorowany, dawszy zakonowi aktywne kierownictwo wikariusza w osobie br. Eliasza z Asyżu (12217) i Regułę ostateczną (29 XI 1223), kierował się odtąd ku ostatniemu etapowi swego życia; przeżywał częstsze wzniesienia mistyczne i dążył do serdeczniejszego uczestnictwa i podobieństwa z Ukrzyżowanym.
Latem 1224 z takimi uczuciami usunął się na górę Alwernię, gdzie spędzał czas na długich modlitwach, rozważaniach i postach. Tam blisko uroczystości Podwyższenia Krzyża (14 IX) ukazał mu się sam Chrystus ukrzyżowany w postaci serafina skrzydlatego i ognistego, który wycisnął na jego ciele żywe stygmaty Męki Pańskiej: otwarte i krwawiące rany, z cielesnymi gwoźdźmi o długich i zakrzywionych ostrzach, na rękach i stopach oraz w boku.
Z Alwerni Święty powrócił do Asyżu jako żywy obraz Jezusa ukrzyżowanego. Ostatnie dwa lata swojego życia przeżywał w przewlekłych męczarniach, dotknięty ponadto ciężką chorobą oczu, której nabawił się na Wschodzie. Przyjmując pokornie nalegania protektora Zakonu, kard. Hugolina, Święty poddał się bolesnemu, zabiegowi przypalania oczu u lekarzy dworu papieskiego w Rieti (1225), który jednak nie przyniósł pożądanego efektu; przezwyciężywszy śmiertelny kryzys w kwietniu następnego roku (1226) Franciszek podjął powolnymi etapami, przez Sienę i Kortonę, drogę do Asyżu. Przebywał najpierw w pałacu biskupa asyskiego. Przy końcu września przeniesiono go do Porcjunkuli. Tu też zakończył swoje życie w sobotę wieczorem 3 X 1226, w wieku około 45 lat. Nazajutrz, w niedzielę rano, w uroczystej procesji duchowieństwo i lud przenieśli jego ciało do kościółka Św. Jerzego w obrębie murów miejskich. Tu przechowywano je przez mniej więcej cztery lata i tu również 16 VII 1228 Święty został kanonizowany. Następnie 25 V 1230 ciało przeniesiono na Wzgórze Rajskie, do nowej wspaniałej bazyliki Św. Franciszka, którą wzniesiono z woli Grzegorza IX i dzięki zasługom br. Eliasza dla grobu Świętego.
Widok na klasztor i Bazylikę, w której znajduje się grób Św. Franciszka Bazylika jest pierwszą świątynią jego kultu i jego chwały na ziemi. Wraz z przyległym do niej Świętym Konwentem została ogłoszona głową i matką całego zakonu Minorytów (Grzegorz IX, 22 IV 1230). Opiekują się nią Bracia Mniejsi Konwentualni, którzy przez wzgląd na cześć powszechną i czysty geniusz Świętego zatroszczyli się również o wygląd zewnętrzny całego monumentalnego zespołu, przyozdabiając go cennymi dziełami wszystkich odradzających się sztuk włoskich.